Горнодигестивната ендоскопија (Езофагогастродуоденоскопија)
е визуелно испитување на слузницата на хранопроводот, желудникот и почетниот дел на тенкото црево (дуоденум). Се изведува со внесување на ендоскоп – тенка, долга и свитлива цевка преку устата, а ако е потребно се изведува под седација (давање на благи средства за смирување) или воведување во плитка анестезија. На овој начин, докторот ќе може да види дали постојат било какви промени или заболувања на слузницата на овие органи. Ако е потребно, за време на прегледот можат безболно да се земат мали примероци на ткиво (биопсии) за хистопатолошка и микробиолошка анализа. Ендоскопијата се применува и за тераписки процедури. Меѓу нив се проширување (дилатација) на стеснети делови на хранопроводот, желудникот или дуоденумот, отстранување на полипи и проголтани предмети, како и третман на крвавења од улкуси (чир) и крвни садови.
Долнодигестивната ендоскопија (Колоноскопијата)
е визуелно испитување на слузницата на дебелото црево (колон), после адекватна подготовка т.е. прочистување на колонот. Се изведува со внесување на долга свитлива цевка (колоноскоп) преку ректумот (завршниот дел на дебелото црево), низ целиот колон. Преку оваа цевка, докторот може да види дали постојат било какви промени, односно заболувања на слузницата на дебелото црево. Ако е потребно, за време на прегледот можат безболно да се земат мали примероци на ткиво (биопсии) за микробиолошка и хистопатолошка обработка. Колоноскопијата се применува и за тераписки процедури, како на пример: запирање на крвавење со примена на различни техники на хемостаза; отстранување на полипи (бенигни тумори на дебелото црево) со помош на примена на електрична струја и др.