Организацијата на работата на Универзитетската клиника се заснова врз начелата на достапност, рационалност, ефикасност и континуираност на здравствената заштита. Во Универзитетската клиника се органиозираат внатрешни организациони единици кои претставуваат организационо-техничка целина за вршење на дејностите и тоа: